Wieś Lubień należy do najstarszych miejscowości, jakie powstały na terenie Dóbr Włodawskich w czasie kolonizacji ziem leżących po lewej stronie Bugu. Wymieniana ona jest w starych dokumentach w drugiej połowie XV wieku. Katolicy z gminy Wyryki należeli do parafii rzymskokatolickiej we Włodawie. W Lubieniu natomiast istniała silna unicka wspólnota parafialna i unicki dekanat. Już w 1647 roku lubieńscy chrześcijanie posiadali swoją świątynię, którą dzięki fundatorowi jakim był książę Adam Czartoryski, w 1784 roku zastąpiła nowa, drewniana cerkiew unicka. Parafia lubieńska, podobnie jak i cała Polska przechodziła trudne koleje losu. Także i ona dostała się na wieloletni okres pod obce panowanie. W latach 1875 - 1905 przeszła okrutne prześladowania unitów. Proboszcz lubieński i jednocześnie dziekan dekanatu lubieńskiego, ks. J. Charłampowicz został usunięty z probostwa i zesłany w głąb Rosji. Za nie wyrażenie zgody na przyjęcie mianowanego przez władze carskie popa, wieś Lubień spotkały represje i przez cztery miesiące utrzymywała na własny koszt duże oddziały kozackie. Licytacje gospodarstw i zsyłki na Sybir stosowane były masowo.
Kilka miesięcy po odzyskaniu przez Polskę niepodległości, drewniana unicka cerkiew, została zamieniona na kościół rzymskokatolicki. Jego poświęcenie odbyło się w dniu 9 sierpnia 1919 roku i już 17 sierpnia tegoż samego roku, wierni po raz pierwszy wysłuchali kazania wygłoszonego legalnie w języku polskim. 20 września 1920 roku, biskup siedlecki, swoim dekretem powołał nową jednostkę kościelnej administracji - którą została parafia rzymskokatolicka w Lubieniu. Na czele parafii liczącej 1280 katolików, stał proboszcz ks. Zygmunt Brudnicki (1920-1934), który wobec powtarzających się remontów lubieńskiego kościoła, zaczął rozważać plany budowy nowej świątyni. Jego następca, ks. Mieczysław Klimczyk (1934-1939) wraz z radą parafialną, na zebraniu odbytym 22 sierpnia1937 roku podjął uchwałę o przystąpieniu do budowy nowego kościoła.
W dniu 6 czerwca 1938 roku poświęcono fundamenty świątyni, która stanąć miała na miejscu starego kościoła. Zapał poświęcenie parafian wsparte zdolnościami organizacyjnymi ówczesnego ks. proboszcza, doprowadziły do tego, że kościół w stanie surowym był gotowy już jesienią1938roku. II wojna światowa przerwała prowadzone przy nim prace wykończeniowe. W styczniu 1940 roku został bestialsko zamordowany proboszcz parafii w Lubieniu ks. Marceli Weiss (1939-1940), który stając w obronie świątyni sprzeciwił się wydaniu do niej kluczy. Nie pomogła jednak ta ofiara i kościół na czas okupacji został przemieniony w prawosławną cerkiew. Dopiero w roku 1946 parafię lubieńską objął we władanie proboszcz wyznaczony przez ordynariusza diecezji podlaskiej i ponownie kościół w Lubieniu mógł służyć rzymskokatolickiej wspólnocie. Kapłanem tym był ks. Mieczysław Patejuk (1946-1950). To on i jego następcy: ks. Stanisław Tkacz (1951-1957), ks. Bolesław Grzywaczewski (1957-1964), ks. Stanisław Byczyński (1964-1965), ks. Eugeniusz Zabłocki (1965-1975), ks. Edward Przybyś (1975- 1977), ks. Jan Kapłan (1977-1977), ks. Stanisław Dzyr (1977-1988), ks. Czesław Czerwiński (1988-1989) i ks. Henryk Kalitka (od 1989 roku) wraz z wielu pokoleniami lubieńskich parafian, wkładając swoje zdolności, swoje siły i swój zapał doprowadzili do ukończenia budowy, przeprowadzali niezbędne remonty, starali się aby lubieńska świątynia mogła jak najlepiej służyć miejscowej wspólnocie.
